本局組織分三個層級，描述如下， 第一層級：局長 第二層級：副局長、技正 第三層級：九科（醫政科、長期照顧科、食品藥物管理科、心理健康及毒品防制科、國民健康科、疾病管制科、檢驗科、企劃科、行政科），三室（人事室、會計室、政風室），三所（東區衛生所、北區衛生所、香山衛生所）
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組織圖